Tähtiliiton vähiten tärkeällä aluksella tapahtuu eniten: Lower Decks kääntää scifi-kliseet päälaelleen ja todistaa, että galaksin pelastaminen on joskus pelkkää siivoamista ja sähläämistä.
Aliluutnantti Tendi aloittaa ensimmäisen työpäivänsä Tähtilaivaston U.S.S. Cerritos -aluksella.
Korkean profiilin tehtävä menee pieleen, ja Boimleria vaivaa itseään koskeva epäilys.
Uusi työprotokolla, joka poistaa joustovaran, saa alakansien miehistön työskentelemään täyttä häkää.
Kapteeni Freeman janoaa kostoa, koska Mariner osoitti kunnioituksen puutetta miehistön edessä.
Mariner epäilee Boimlerin tyttöystävää. Tendi ja Rutherford tulevat mustasukkaisiksi.
Hurmaava mutta kömpelö Fletcher tekee Marinerin ja Boimlerin työstä haastavaa.
Mariner yrittää tehdä vaikutuksen parhaaseen ystäväänsä Tähtiliiton akatemiasta.
Mariner, Boimler, Tendi ja Rutherford joutuvat ansaan, sillä muukalaiset pakottavat heidät todistamaan.
Mariner muokkaa Boimlerin holodekkiohjelmaa siten, että hän pystyy itse esittämään elokuvan pahista.
U.S.S. Cerritos kohtaa tutun vihollisen, samalla kun Tendi auttaa vaikeuksissa olevaa uutta tulokasta.