Master Chief John-117 johtaa spartalaisia matkalla Halon löytämiseksi.
Vuosi on 2552, ja maasta eroa tekevää Madrigalin planeettaa asuttavat ihmiset taistelevat itsenäisyytensä puolesta.
John vie Kwanin tapaamaan vanhaa ystäväänsä ja saa tietää lisää salaperäisestä esineestä.
John tapaa uuden parinsa ja saa selville muistoihinsa kätkeytyneitä salaisuuksia.
John vie Halseyn ja Cortanan takaisin alkujuurille hakemaan vastauksia menneisyydestään.
Pakoteillä ja vaihtoehdot vähissä Kwan ja Soren ajautuvat erimielisyyksiin.
Sodasta selvinneet palaavat Reachiin. John ottaa yhteen Halseyn kanssa tämän valheellisesta menneisyydestä.
Yrittäessään selvittää sukunsa todellista päämäärää Kwan päätyy Madrigalin autiomaahan.
John ja Makee pääsevät yhteisymmärrykseen yhteisestä näkemyksestään. Halseyn on pelastettava tehtävänsä.
John-117 johtaa spartalaiset itsemurhatehtävälle löytääkseen Halon ja pelastaakseen ihmiskunnan.