Neljä mutanttikilpikonnaa taistelee rikollisuutta vastaan New Yorkissa.
Kilpikonnat uskovat, että kaikki vanhat viholliset on kukistettu, mutta uusi paholainen on nousemassa.
Karai kohtaa vanhan kilpailijan etsiessään Kuro Kabutoa.
Donatellon kauna Don Viziosoa kohtaan uhkaavat kilpikonnien tehtävää.
Kilpikonnien on kukistettava Kavaxas ja estettävä häntä tuhoamasta maailmaa.
Kun Splinter mutatoituu ensimmäisen kerran, hän oppii selviytymään ja suojelemaan neljää mutanttikilpikonnavauvaa.
Kilpikonnien suunnitelmat nauttia Halloweenista keskeytyvät, kun hirviöt uhkaavat kaupunkia.
Renet kuljettaa tiimin Transilvaniaan pysäyttääkseen Savanti Romeron.
Savanti aikoo värvätä Frankensteinin hirviön ja päästää armeijansa valloilleen 2000-luvulla.
Kilpikonnat palaavat hirviöiden hallitsemaan maailmaan ja huomaavat pahentaneensa tilannetta.
Mona Lisa saapuu maahan, mutta Raphin intohimoinen pyrkimys auttaa häntä voi saattaa tiimin vaikeuksiin.
Raphin on saatava Mona Lisa ja Bishop työskentelemään yhdessä kukistaakseen alienuhan.
80-luvun Shredder ja Krang ilmestyvät tähän ulottuvuuteen ja työllistävät Bebopin ja Rocksteadyn.
Kilpikonnat opettavat 80-luvun vastineensa kohtaamaan kaikkien aikojen suurimman uhan.
Kilpikonnat pyytävät Mighty Mutanimalsien apua pysäyttääkseen Bebopin ja Rocksteadyn.
Kilpikonnat siirretään toiseen ulottuvuuteen, jossa ne tapaavat kanisamurain.
Usagi johdattaa kilpikonnat kummitusmetsään, joka on täynnä ilkikurisia ja vaarallisia henkiä.
Usagi ja kilpikonnat saavuttavat määränpäänsä ja heidän on autettava Kintaroa täyttämään kohtalonsa.
Vanhempi ja ajan väsyttämä Raphael taistelee tiejengejä vastaan maailmanlopun jälkeisessä mutanttijätemaassa.
Tiimi etsii autiomaasta erakkoa, joka voi auttaa heitä löytämään myyttisen keitaan.
Raphin on taisteltava tiensoturiklaanin johtajia vastaan ennen suurimman vihollisen kohtaamista.