Neljä mutanttikilpikonnaa taistelee rikollisuutta vastaan New Yorkissa.
Tiimi tapaa oudon Fugitoid-nimisen robottiavaruusolennon, joka vie heidät avaruuteen.
Kun tiimi tekee pakkolaskun kuuhun vihollisen kanssa, heidän on unohdettava erimielisyydet.
Kun Casey löytää hyperkuution, hän vapauttaa neliulotteisen olennon: Wyrmin.
Kilpikonnat pakenevat hylätylle avaruusasemalla, kun palkkionmetsästäjä koettaa tuhota heidät.
Kilpikonnat huomaavat päätyneensä pahalle Xaava-Dalin planeetalle.
Kun avaruusolennot menevät Mikeyn mieleen, kilpikonnien on jahdattava niitä Mikeyn alitajunnan läpi.
Kilpikonnat jäävät kiinni ja joutuvat keskelle Triceratonien areenaa.
Kilpikonnien on saatava Utromit luottamaan itseensä löytääkseen musta-aukkogeneraattorin osan.
Kilpikonnien on löydettävä toinen generaattorin osa avaruuden merimäisessä osassa.
Kilpikonnat tapaavat 1980-luvun vaihtoehtoisen todellisuuden itsensä toisessa ulottuvuudessa.
Donatello tuntee alemmuutta Fugitoidin vuoksi. Hänen älynsä joutuu koetuksella, kun Triceratonit hyökkäävät.
Kun Raphael menettää taistelumojonsa, hänen on päästävä tunteistaan yli pelastaakseen veljensä.
Veljekset selvittävät useita esteitä ja saavat viimeisen musta-aukkogeneraattorin osan.
Kun tiimi pääsee viimein Maahan, Fugitoid paljastaa kamalan salaisuuden menneisyydestään.
Aprilista tulee ninja, ja hän kohtaa uuden vihollisen, kun kilpikonnat taistelevat vanhoja vihollisia vastaan.
Kun Leo solmii salaa liiton Karain kanssa, hän joutuu suurempaan vaaraan kuin oletti.
Tiimi kohtaa Stockman-Flyn hyönteiskätyrit. Raphaelin on päästävä yli hyönteispelostaan.
Don Vizioson jengi jäljittää kilpikonnia useiden antimutanttiaseiden kanssa.
Michelangelo ystävystyy kahden oudon uuden supersankarin kanssa. Heidän nimensä ovat Wingnut ja Screwloose.
Kilpikonnat kohtaavat haastajan, jota he eivät voi päihittää: Super-Silppurin.