Neljä mutanttikilpikonnaa taistelee rikollisuutta vastaan New Yorkissa.
Tiimi kohtaa mahdollisuuden, että Leonardo ei parane. Uusi mutantti vangitsee Rafaelin.
Donatello ystävystyy Isojalan kanssa metsässä ja vaatii muita suojelemaan sitä metsästäjältä.
Ryhmä löytää haudatun Kraang-laivan ja Aprilin äidin, joka ei ole sitä miltä näyttää.
Kun Michelangelo ystävystyy mutanttisammakon kanssa, hän saa tietää, että sen suku aikoo hyökätä ihmisten kimppuun.
Aprilin ja Caseyn on herätettävä kilpikonnat olennoista, jotka vangitsevat ne uniinsa.
Caseyn ja Donnien liitto vaarantuu, kun mutantti terrorisoi teitä.
Aprilin ja Leonardon on pelastettava loput tiimistä uudelta mutantilta.
Leonardo vie kilpikonnat harjoittelemaan kehittynyttä ninjarituaalia, jotta heistä tulisi todellisia ninjoja.
Kilpikonnat palaavat kaupunkiin etsimään Splinteriä, mutta huomaavat, että Kraang on vallannut kaupungin.
Kilpikonnat, Zech ja Steranko etsivät Karaita Kraangdroidien täyttämästä kaupungista.
Silppurin kätyrit Bebop ja Rocksteady jahtaavat kilpikonnia.
Leo ei luota Slashiin, kun tämä ilmestyy johtamaan Mighty Mutanimals -tiimiä.
Mighty Mutanimals hyökkää TCRI:n kimppuun. Kilpikonnat pelastavat New Yorkin asukkaat X-ulottuvuudessa.
Casey joutuu vaikeuksiin, kun hän luulee pärjäävänsä rikolliselle alamaailmalle yksin.
Uusi mutantti, Muckman alkaa saada mainetta NYC:n "hirviösankarina".
Silppuri ja hänen seuraajansa kidnappaavat Mighty Mutanimalsin kokeellisista syistä.
Michelangelo ja Casey ystävystyvät Mondo Geckon, skeittaavan matelijapojan kanssa.
Kun Karai aivopestään Stockmanin laboratoriossa, hän alkaa metsästää kilpikonnia.
Ajassa matkustaneiden kilpikonnien on voitettava aikamestari Savanti Romero.
Palatessaan menneisyyteen kilpikonnat kohtaavat tutun ninjaklaanin.