Neljä mutanttikilpikonnaa taistelee rikollisuutta vastaan New Yorkissa.
Silppuri lyöttäytyy Kraangin kanssa saadakseen erän mutageenia.
Kilpikonnat kohtaavat robottisotilaita. Leonardo taistelee hänen liikkeisiinsä mukautuvia ninjoja vastaan.
Mutatoitunut orava alkaa lisääntyä. Kilpikonnien on estettävä mutanttien karkaaminen.
Donatello kokeilee mutageeniä, mutta asettaa Aprilin vaaraan mutageenimiehen kanssa.
Michelangelo pelleilee mutageenin kanssa, joka aiheuttaa hänelle vaarallisen tartunnan.
Karai alkaa metsästää Aprilia, joka tajuaa saattaneensa uuden ystävänsä Caseyn vaaraan.
Mutanttikilpikonna Slash jahtaa kilpikonnia kosto mielessä.
April liittyy kilpikonnien mukaan tehtävään, jossa he saavat tietää järkyttävän salaisuuden hänen menneisyydestään.
Kun Casey tapaa Rafaelin, heidän on unohdettava kiistansa taistellakseen yhteisiä vihollisia vastaan.
Sienimutaatio saa kilpikonnat ja Aprilin kokemaan pahimmat pelkonsa.
Kun Donnie parantaa Metallipään älykkyyttä, hänen luottamuksensa robottia kohtaan joutuu koetukselle.
Rottakuninkaan palatessa Splinterin on voitettava pelkonsa mielen hallitsemisesta.
Leonardo kohtaa Silppurin uuden taistelijan. Donnien on unohdettava kilpailunsa Caseyn kanssa.
Leonardo kohtaa Silppurin uuden tappajan. Donnien on unohdettava kilpailunsa Caseyn kanssa.
Kilpikonnat yrittävät pelata fantasiaroolipeliä, mutta pelistä tulee todellista.
Kilpikonnat kehittävät mutageenin auttaakseen Aprilin isää. Stockman uhkaa mutatoida Aprilin.
Raphael ja Casey tapaavat Slashin ja huomaavat, että hänellä on oma kumppani: Liskonaattori.
Juovakynsi aikoo tuhota kilpikonnat. Karai saa selville totuuden vanhemmistaan.
Mikey löytää mutantin, joka hyökkää ihmisten kimppuun elävien pizzojen avulla, mutta kukaan ei usko häntä.
Leo yrittää suostutella muita pelastamaan Karain. Mestarivaras varastaa Silppurin kypärän.