Neljä mutanttikilpikonnaa taistelee rikollisuutta vastaan New Yorkissa.
Ninjakilpikonnat huomaavat, ettei pintamaailma ole niin yksinkertainen kuin miltä se ensin näyttää.
Videolle taltioituneiden kilpikonnien on estettävä olemassaolonsa paljastuminen.
Michelangelo ystävystyy Shredderin salaisen luutnantin, kuuluisan taistelulajitaiteilijan Chris Bradfordin kanssa.
Kilpikonnat taistelevat mekaaniseen taistelupanssariin pukeutunutta häiriintynyttä keksijää, Baxter Stockmania vastaan.
Donatello luo kauko-ohjattavan robottikilpikonnan, Metallipään taistelemaan hänen puolestaan.
Donatello ja April tutkivat tiedemiehen katoamista ja löytävät psyykkisen apinan.
Leo pelkää hänen armontekonsa vainoavan, kun Xever pitää nuudelikaupan omistajaa panttivankina.
Kun April saa varoituksen isältään, hänen ja kilpikonnien on pelastettava isä.
Kilpikonnat puolustavat kotiaan, kun Bradford yrittää tuhota sen vaarallisella kemikaalilla.
Purppuralohikäärmeiden ja mouserien aiheuttamat uhat pakottavat kilpikonnat jakautumaan kahteen ryhmään.
Michelangelo ystävystyy epävakaan mutanttialligaattorin kanssa, jolla on hallussaan Kraang-teknologiaa.
Raphael antaa Leonardon johtaa ryhmää. Leo tapaa kauniin ja vaarallisen naisninjan.
Kilpikonnat kohtaavat rottakuninkaan, joka uhkaa vallata kaupungin.
Kilpikonnat kokevat lukion, kun Aprilin projekti kiinnittää Kraangin huomion.
Kilpikonnat kohtaavat wannabe-sankarin, joka päättää taistella rikollisuutta vastaan ja pukeutua Pulverizeriksi.
Murtautuessaan TCRI-päämajaan kilpikonnat saavat selville Kraangien todellisen tarkoituksen.
Jättimäinen torakka jahtaa kilpikonnia, jotka yrittävät estää Kraangien hyökkäyksen.
Baxter Stockman yrittää houkutella Fishfacea, Dogpoundia ja kilpikonnia tappavaan labyrinttiin.
Karai tajuaa Kraang-uhan vakavuuden ja pyytää kilpikonnia yhdistämään voimansa.